Full Metal Panic! The Second Raid est la suite de Full Metal Panic! L'histoire se déroule environs deux mois après les événements à Tuatha de Danaan (fin de Full Metal Panic!). L'organisation Mithril a vent d'une organisation secrète possédant une technologie probablement supérieure à la leur. Cette organisation du nom de Amalgam possède une "Black Technologie" obtenue depuis "Whispered" et compte bien en obtenir autant que possible. Sagara Sousuke et ses collègues font tout leur possible pour mettre un terme à cette organisation.