Full Metal Panic? Fumoffu est la suite de la série Full Metal Panic! De retour à l'école Jindai, Sagara Sousuke crée sans cesse du grabuge en voulant protéger Chidori Kaname. Mais lorsque celle-ci est vraiment en danger, Sagara revêtit le déguisement de Bonta-kun pour la protéger sans être découvert. Puis Sousuke doit également protéger son officier supérieur, Teletha Testarossa, en plus de vivre comme un lycéen normal, car celle-ci a décidé de prendre des vacances. Tout cela n'est pas de tout repos pour Sousuke !