Fate/Zero 2nd season est la suite directe de Fate/Zero. D'ailleurs, la numérotation précédente est reprise. L'histoire reprend là où Fate/Zero s'était arrêté : le monstre de Caster grandit lentement dans la rivière pendant que Saber, Lancer et Rider tentent de l'éliminer. L'enjeu est de taille : celui qui éliminera Caster recevra un sort de commandement. Cependant, Lancer comprend assez vite qu'ils ne peuvent pas gagner si Saber continue d'être handicapée par sa malédiction.