Environ 6 mois après la fin du Vanguard VF Circuit, Aichi Sendou est transféré à la Miyoji Academy pour sa remise de diplômes au lycée. Pour le début de cette nouvelle saison, il rencontre Naoki Ishida et Shingo Komoi, ses nouveaux camarades de classe, retrouve Misaki Tokura, sa partenaire dans la Team Q4 et apprend l'arrivée de Kourin Tatsunagi dans sa classe. Se voyant obligé de s'inscrire à l'un des clubs de l'établissement, et ne sachant que faire, il décide de monter un club de Cardfight!! Vanguard avec tout ses amis... Cependant, le Conseil des Etudiants considère ce club comme étant une mauvaise influence sur l'école et s’oppose à son existence...